Newsletter Subscribe
Enter your email address below and subscribe to our newsletter
O.z. Dôstojnosť Slovenska
O.z. Dôstojnosť Slovenska
ByKamil
Priamy primer Nipah PCR zodpovedá ľudskému genómu – vstavaná cesta k falošne pozitívnym výsledkom, keďže médiá propagujú „smrteľnú epidémiu“
Share your love
Ukazujú PCR testy pozitívne výsledky na ľudskú genetiku, nie na Nipah?
Hlavné médiá zosilňujú poplach kvôli údajnému prepuknutiu vírusu Nipah v Indii a zároveň potvrdzujú, že prípady sa „potvrdzujú“ testovaním RT-PCR.
PCR test, ktorý je jadrom tohto potvrdenia, sa však spolieha na sekvenciu priamych primerov, ktorá sa zhoduje s ľudským genómom naprieč mnohými lokusmi, čím vytvára jednoduchý mechanizmus pre falošne pozitívne výsledky: amplifikáciu ľudského genetického materiálu namiesto vírusovej RNA.
Ukazujú tieto testy pozitívne výsledky na ľudskú genetiku, nie na Nipah?
Je toto falošné ohnisko?
Výsledky BLAST potvrdzujú zhodu PCR primerov Nipah s ľudskou genetikou
Predmetná sekvencia je publikovaná v Príručke pre terestriálne zvieratá Svetovej organizácie pre zdravie zvierat (OIE) , ktorá opisuje test TaqMan RT-PCR v reálnom čase zameraný na gén N vírusu Nipah ako primárnu diagnostickú metódu na potvrdenie klinických prípadov.
- Pôvodný patent na PCR s 5′ nukleázou TaqMan ( americký patent č. 5 210 015 ) výslovne uvádza, že detekovateľný pozitívny signál je možné generovať väzbou polymerázy na jediný primer – prostredníctvom štiepenia sondy – bez nutnosti úplnej amplifikácie cieľa.
- Jednoducho povedané, chémia použitá pri PCR testovaní môže produkovať „pozitívny“ signál jednoducho preto, že primer sa prilepí na genetický materiál – aj keď vírus, ktorý test údajne detekuje, tam nie je – čo zvyšuje možnosť, že ohniská definované týmito testami môžu byť vytvorené samotným testom, a nie skutočnými infekciami.
V príručke OIE je uvedený priamy primer pre N-gén Nipah ako: NiV_N_1198F: TCA-GCA-GGA-AGG-CAA-GAG-AGT-AA.
To je sekvencia primerov testovaná vo vzorkách údajne obsahujúcich Nipah.
Vykonal som však BLAST zarovnanie NiV_N_1198F s ľudským referenčným genómom (GRCh38), ktoré vrátilo zhody s vysokou identitou rozložené po celom genóme, vrátane súvislých dĺžok zhôd, ktoré spĺňajú typické prahové hodnoty primingu používané v PCR reakciách.
Inými slovami, primer použitý na detekciu Nipah sa zhoduje s ľudskou genetikou, čo znamená, že test dokáže amplifikovať ľudskú DNA a generovať „pozitívny“ signál, aj keď nie je prítomný žiadny vírus.
Zarovnania BLAST zahŕňajú viacero dokonalých a takmer dokonalých väzbových miest, ktoré sa rozprestierajú na mnohých chromozómoch.
PCR amplifikuje všetko, na čo sa primer viaže.
Keď sa primer viaže na hostiteľskú (ľudskú) DNA vo veľkom meradle, výstup testu môže odrážať skôr genetiku hostiteľa než patogén.
V praxi môže byť „pozitívny“ výsledok vytvorený samotným väzbovým správaním testu v závislosti od zloženia vzorky, podmienok amplifikácie, prahových hodnôt cyklu a kontrol kontaminácie.
Táto otázka zosúladenia základného náteru s ľudským genómom sa ocitá uprostred mediálneho cyklu, ktorý tlačí verejnosť k strachu a potenciálnej vládou nariadenej reakcii na prepuknutie nákazy.
Hlavné spravodajstvo Nipah
PEOPLE informuje, že dve zdravotné sestry neďaleko Kalkaty boli identifikované ako prípady Nipah, že 180 ľudí bolo testovaných a že testovanie RT-PCR sa používa na sledovanie a skríning netopierov v Západnom Bengálsku.
Tieto titulky vynechávajú technický detail, ktorý určuje, či je „potvrdený“ prípad PCR zmysluplný: či primery jednoznačne cielia na vírus Nipah.
Primer, ktorý sa opakovane zarovnáva s ľudskou DNA, predstavuje jednoduchý diagnostický problém.
Vytvára cestu pre falošne pozitívne výsledky prostredníctvom bežných laboratórnych dynamik a tiež rozširuje priestor pre umelo vytvorené výsledky, pretože test dokáže generovať pozitívny signál z materiálu, ktorý je už prítomný v pacientovi.
Vyrábajú sa „puzdrá Nipah“?
Upozornenie vynálezcu PCR testu
Dr. Kary Mullis, zosnulý vynálezca PCR testu, v rozhovore z roku 1997 ( tu ) povedal, že jeho test by sa nemal používať na určenie, či je subjekt infikovaný vírusom.
Je to preto, že test „dokáže nájsť takmer čokoľvek v hocikom“, ak sú jeho parametre nastavené dostatočne vysoko, čo skresľuje výsledky, tvrdí nositeľ Nobelovej ceny.
„PCR test môže byť pozitívny prakticky na čokoľvek. Ak ho robíte dostatočne dlho… môžete u kohokoľvek nájsť takmer čokoľvek,“ povedal Dr. Mullis. „Nehovorí vám to, že ste chorí.“
Mullisovo varovanie sa teraz javí ako priamo relevantné pre systém, v ktorom možno vyhlásiť stavy núdze v oblasti verejného zdravia na základe testov, ktoré na dosiahnutie pozitívneho výsledku nevyžadujú vírus.
Zrátané a podčiarknuté
Zdravotnícke agentúry, laboratóriá a médiá, ktoré informujú o „PCR potvrdenom Nipah“, teraz čelia základnej úlohe: zverejniť analýzu špecifickosti primerov, zverejniť prah cyklu a kontrolnú stratégiu použitú na vylúčenie amplifikácie hostiteľského genómu a preukázať, že hlásené pozitívne výsledky sú viazané na vírusové ciele, a nie na prekrývanie ľudských sekvencií.
Kým sa táto otázka špecifickosti otvorene nevyrieši, tvrdenia o Nipah potvrdené PCR sa opierajú o návrh testu, ktorý dokáže produkovať vlastný signál.
Verejný strach, karanténne opatrenia a medzinárodné titulky sú teraz poháňané testom, o ktorom sa nedá predpokladať, že rozlíši medzi ľudským genetickým materiálom a vírusom, ktorý má identifikovať.
Discover more from Vynášam na svetlo to, čo iní zatajujú
Subscribe to get the latest posts sent to your email.
